Čistenie vírivky sa dá rozdeliť na tri časti. Čistenie škrupiny vírivky, čistenie trysiek a potrubí vírivky, čistenie kabinetu a termokrytu vírivky. Je veľmi užitočné pred každým novým napúšťaním vírivky vodou venovať pozornosť čisteniu škrupiny vírivky, trysiek a potrubia vírivky.